Дело не в том, что на поезде долго ехать из Лондона в Шотландию, а в том, что поезд в принципе нахрен не нужен. С учётом того, что волшебников собирают со всей Британии (а может и не только Британии), нет никакой принципиальной разницы, собирать всех на вокзале или сразу где-нибудь недалеко от Хогвартса. Если "дети плохо переносят аппарацию", то остаются портключи и камины, а для магглорожденных - обычные, маггловские способы передвижения.

Но даже если большинство волшебников живёт в Лондоне, поезд всё равно херня. У магов есть исчезательные шкафы - аналог камина, не требующий летучего пороха, а значит, бесплатный. Ничего не стоит установить такой стационарный портал где-нибудь на Косой Аллее с выходом около Хогвартса.

Почему поезд вообще возник? Потому что на момент первой книги Роулинг ещё не продумала магические способы перемещений. У неё и Дамблдор в Министерство "летал", очевидно, на метле. Хотите придать поезду логичности? Сделайте его не обязательным, только и всего. Пусть на поезде добираются только те, кому так удобнее, или просто хочется потусоваться со школьными друзьями лишние несколько часов.