Не думаю, что с Мэри сделали что-то реально жуткое, типа изнасилования (или другого трэша). Это не значит, конечно, что с ней в принципе не могли такого сделать, ведь это же ПС. Но именно тут контекст в книге вряд ли предполагает подобное.
Т.е. не только Снейп говорит, находясь в здравом уме, в лицо Лили о "ерунде" (если бы произошла трагедия, Лили от подобного пренебрежения, не исключено, что вмазала бы ему), но и Лили вторит ему, когда в принципе употребляет само слово "юмор", пусть и в контексте выпада.
Но понятно, что ничего хорошего с Мэри, естественно, не произошло, учитывая "Тёмную магию".