Мне кажется - эта ситуация вполне естественна. Чем шире границы познаваемого, тем меньше списывается на чудеса. Там где начинается знание, заканчивается вера. А маги способны "разобрать на детальки" такое количество волшебных явлений, что для веры в чудеса места остается совсем немного. Собственно, и обычное, не наделенное магическими способностями человечество, чем больше развивается, тем меньше оставляет "слепых пятен", в которых можно было бы "поселить" чудо. Настолько, что это даже породило своеобразный кризис - когда при помощи науки и разума стало возможно спокойно объяснить столько всего, что многие предпочитают удариться обратно в веру в экстрасенсов, магию, рептилоидов и прочее. Чтобы мир а) обратно стал казаться попроще б) чтобы было не так страшно иметь дело с реальностью.
Ну и да, думаю, определенная категория магов вполне может считать чудесами маггловкую науку как раз потому что природу того, что магглы считают чудом - они отлично понимают, в отличие, скажем, от природы какой-нибудь ядерной химии.