На самом деле ответ на твой вопрос есть в каноне, он состоит из двух частей.
Во-первых, Гендо боялся встретиться с сыном и не хотел видеть его как можно дольше. Во-вторых, все слишком верили в найденные в Антарктиде пророчества, по ним выходило, что до появления первых Ангелов еще года два - успеют его натаскать.