Искать логику в сказках сложно.
Мне всегда был более интересен другой вопрос. Целый год философский камень хранился сначала в Гринготтсе, а затем в Хогвартсе, то есть, если не считать, что все происходящее план Дамблдора, камень пытались сохранить.
А что в конце? Камень уничтожен Гарри. И Фламели не против. Угу. Столетия жили-жили, а тут внезапно стали не против умереть...
Либо у них есть ещё камни и эта лапша для Дамблдора.
Либо уничтожение камня — лапша для Гарри.
Либо изначально камень был пустышкой/стекляшкой с чарами...