Если Ваша ОС — GNU/Linux, то попробуйте команду:

ps2pdf -dUseFlatCompression=true несжатый.pdf имя_нового_сжатого.pdf

Она неплохо сжимает файлы с растровыми изображениями, и качество не теряется. Если команды ps2pdf нет, надо поставить пакет, её содержащий; в Debian это пакет ghostscript.