Так Салазар всё таки основатель не в меньшей степени чем остальные, да и система была уже устроена. И я не думаю что когда остальные основатели с ним расплевались они прям рьяно возненавидели его и всё что с ним связано чтобы что нибудь там уничтожать. А потом да, стало традицией

Ну и идеология Слизерина как факультета это ж не чистота крови, а амбициозность и стремление к величию – слизеринцы это абсолютно не обязательно тёмные маги-расисты (но строго говоря расисты в волшебном мире который мы наблюдаем вообще все – маглов за равных даже маглорождённые не так чтобы считают, а уж про отношения с гоблинами, домовиками и прочей нелюдью и говорить не приходится) и даже не обязательно чистокровные. Да в какой то момент расистские идеи и их приверженцы сконцентрировались в Слизерине – полагаю потому что кто нибудь из идеологов раскопал какие нибудь книжки с изречениями Салазара и зафорсил их среди друзей и приятелей, но чёт мне думается это уже где то около принятия Статута, когда волшебники отрезали свой мир от магловского и чистокровность внезапно обрела хоть какой то смысл. Впрочем наверняка идеи что маглорожденные воруют магию, из за них сквибы рождаются и прочее мракобесие ходило и раньше и вполне вероятно на Слизерине кучковалось. Но не думаю что это было распространено настолько серьёзно. В конце концов это никак не мешало одному из Малфоев к магловской королеве женилку подкатывать.

А слизеринцы как какая то отдельная от остальных волшебников элита, особенно если говорить об условном средневековье, это вообще какой то стрёмный фанон.