ЕМНИП, Минерва именовалась девичьей фамилией, т.к. под ней она уже была известна в определённой степени.
Как и Гермиона, кстати) Хотя у неё это мог быть ещё и принцип, мол, она магглорождённая и борется за права магглорождённых и других угнетённых (волшебных народов и их полукровок), а это всё-таки логичнее делать с маггловской фамилией, а не фамилией чистокровной семьи.