Ну всё-таки раннее средневековье длилось до 10-11 века (обычно считают так) и в это время наибольшую популярность имела невменная нотация, к которой часто относят и квадратную как её логическое завершение (но не все и не всегда), а там в принципе методология разная была плюс разные периоды совершенно (всё-таки пять веков - это много), поэтому фиг бы Толстый Монах, который при жизни привык к одной нотации, смог распознать какую-нибудь другую.
По крайней мере, так учат в муз колледжах.