В каноне объяснения вроде бы нет. В фанфиках - разные версии, есть вообще случайная потеря (в результате случившегося шухера), есть стертая память о том, что это вещь Волдеморта, есть версия, что это сам дневник, желая возродиться, воздействовал на Люциуса...