Лично мое мнение, что дух машины это нерожденные, которых создали механикус своей верой.
Как имперские святые, аналоги демонов но от импи, который бог из-за поклонения человечества и жертв псайкеров.
Так и религия механикус сделала своих духов, с помощью веры.