майор Лёд-Подножный
Именно. Если руководство полностью на стороне врага (магов), то единственное, что могут подчиненные - попытаться противостоять ему, вплоть до физического устранения. То есть формально дать повод обвинить себя в предательстве. Одна часть оперативников будет на стороне руководства, другая противостоять ему - раскол вплоть до гражданской войны. Будет не «магглы против магов», а устойчива система «маги + магглы» против отдельных групп магглов, возможно с поддержкой отщепенцев-магглорожденных. Последние объявляются террористами и последовательно уничтожаются.
Министерство - система под контролем магов. Правительство - система, легко контролируемая магами через ключевых лиц. Разведка и контрразведка - системы, легко контролируемые магами через начальство Объединённого Разведывательного Комитета, МИ-6 и МИ-5. Армия и полиция - системы, легко контролируемые магами через высших чинов.
Да, на низших уровнях возможен саботаж и сопротивление отдельных групп, сумевших докопаться до правды, но их возможности ничтожны и легко купируются даже самими магглами, а уж с поддержкой магов тем более.