> А новые сюжетные линии из экранизации Хоббита не будут слишком лишними в общем фандоме Средиземья?

Не будут, их там не слишком много. А для фильтрации Тауэриль/Кили лучше ввести событие "Кинофильм" или что-то подобное (которое, к тому же, будет употребимо и для кино-ВК)

> И Сильмариллион тоже будет там стоять особняком.

не думаю, что это тоже хорошая идея
все таки сеттинг един и делить его лучше событиями-метками хронотопов.
как показывает пример сеттинга ГП, простирающегося от "Времен Основателей" до "Постхогвартса" - это работает

а если вводить три разных фэндома (Сильм, ВК и Хоббит), то они будут перекрываться этак на три четверти. В том числе и сюжетно: фанфиков про персонажей Сильма в Войне Кольца довольно прилично.
Да, есть механизм кроссоверов, но это все же концептуально неправильно.