Можно совместить вариант с цифрами, рандомом и с ограничением на количество работ. Ограничить по две работы на номинацию. Если команда отправляет только одну работу, то не ставит в шапке ничего, а если две, указывает в описании цифру 1 или 2. Далее при возможном делении, работы без цифры делятся по номинациям рандомно, а работы с цифрой 1 идут в первую, а с цифрой 2 во вторую.
Ограничение в две работы лучше, чем в одну - все же конкурс командный и одна работа - это маловато. Всё ещё остается элемент рандома и соответственно минимизируются обвинения в предвзятости, а так же с редактора снимается большая часть логистики.