Смотря какие там кнопки. Если что-то вроде Fn, то программно ничего не получится, только снять сами клавиши (не самая плохая идея, я так на уебанских клавиатурах снимал кнопку слева от Z/Я, которая делит Shift пополам и дублирует обратный слэш). Если окошко и контекстное меню, то они переназначаются либо в виндовом редакторе раскладок (можно создать свою раскладку и заменить стандартные русскую и английскую ею), либо в линуховых файлах настроек. У меня вместо контекстного меню стоит Compose Key, чтобы можно было набирать раритетные символы вроде знака рубля или диакритиков над особо отличившимися гласными европейских алфавитов.