Могу посоветовать Обсидиан. Есть навигация, все окна можно двигать свободно, а на их Канвасе передвигать карточки и всё такое.
https://obsidian.md/

Разве что с синхронизацией придётся заморочиться, у них платная. Но можно настроить и через любое облачное хранилище (про бекапы не забывайте).