100 наиболее распространенных фамилий по справочнику «Весь Петербург» за 1910 г. (данные Б.Г.Унбегауна):
1 десятка:
Иванов, Васильев, Петров, Смирнов, Михайлов, Федоров, Соколов, Яковлев, Попов, Андреев
2 десятка:
Алексеев, Александров, Лебедев, Григорьев, Степанов, Семенов, Павлов, Богданов, Николаев, Дмитриев
3 десятка:
Егоров, Волков, Никитин, Кузнецов, Соловьев, Тимофеев, Орлов, Афанасьев, Филиппов,
Сергеев
4 десятка:
Захаров, Матвеев, Виноградов, Кузьмин, Максимов, Козлов, Ильин, Герасимов, Марков, Новиков
5 десятка:
Романов, Осипов, Макаров, Зайцев, Беляев, Гаврилов, Антонов, Ефимов, Леонтьев, Давыдов
6 десятка:
Гусев, Данилов, Киселев, Сорокин, Тихомиров, Крылов, Никифоров, Кондратьев, Кудрявцев, Борисов
7 десятка:
Жуков, Воробьев, Щербаков, Поляков, Савельев, Шмид(т), Трофимов, Чистяков, Баранов, Сидоров
8 десятка:
Соболев, Карпов, Белов, Миллер, Титов, Львов, Фролов, Игнатьев, Комаров, Прокофьев
9 десятка:
Быков, Абрамов, Голубев, Пономарев, Покровский, Мартынов, Кириллов, Шульц(е), Миронов, Фомин
10 десятка:
Власов, Федотов, Троицкий, Назаров, Ушаков, Воронин, Денисов, Константинов, Наумов

Присутствие в списке трех явно немецких по происхождению фамилий указывает на масштаб и древние корни немецкой иммиграции. Этимологически эти фамилии — Шмид(т), Миллер и Шульц(е) соответствуют русским Кузнецову, Мельникову и Старостину, причем Мельников и Старостин здесь даже не попадают в первую сотню.
Тут сразу вспоминается из «Героя нашего времени»:
Вообще какие фамилии считать «русскими» (и, соответственно, как выбирать методы статистики) — проблема очень непростая. Шмидты и проч. могут быть не просто натурализовавшимися в России иностранцами, а их далекими потомками, которые говорят исключительно по-русски, да и «крови» нерусской в них почти не осталось. С другой стороны, такие фамилии как Назаров, Муратов, Булатов и пр. могут быть как русскими, так и азиатскими. Ивановым, Смирновым и т. д. может запросто оказаться чистокровный якут или эстонец, который и языка-то русского не знает (или знает плохо). История этого вопроса подробно рассмотрена в статье А.Ф.Журавлева.

Еще один список — по состоянию на середину ХХ века. Он составлен Т.Г.Калининым на базе данных ОБД «Мемориал» — это фамилии солдат. Они призывались со всех республик и регионов СССР, так что выборка должна быть достаточно репрезентативной.
1 десятка: Иванов, Кузнецов, Смирнов, Попов, Петров, Васильев, Козлов, Волков, Новиков, Федоров
2 десятка: Соколов, Семенов, Морозов, Павлов, Зайцев, Степанов, Михайлов, Андреев, Макаров, Егоров
3 десятка: Алексеев, Захаров, Никитин, Лебедев, Соловьев, Яковлев, Николаев, Воробьев, Сергеев, Ковалев
4 десятка: Романов, Киселев, Григорьев, Фролов, Орлов, Баранов, Борисов, Шевченко, Кузьмин, Сорокин
5 десятка: Гусев, Тарасов, Бондаренко, Медведев, Антонов, Поляков, Белов, Дмитриев, Мельников, Жуков
6 десятка: Максимов, Коваленко, Сидоров, Матвеев, Назаров, Королев, Куликов, Ильин, Кравченко, Александров
7 десятка: Ткаченко, Власов, Богданов, Журавлев, Колесников, Гончаров, Осипов, Тимофеев, Гаврилов, Данилов
8 десятка: Миронов, Абрамов, Комаров, Беляев, Ефимов, Карпов, Щербаков, Филиппов, Титов, Калинин
9 десятка: Денисов, Пономарев, Герасимов, Чернов, Коновалов, Фомин, Федотов, Виноградов, Казаков, Давыдов
10 десятка: Афанасьев, Бойко, Быков, Марков, Мартынов, Ермаков, Исаев, Голубев, Крылов, Горбунов
Всего в списке представлено 500 фамилий, целиком он вот здесь:
https://cyberleninka.ru/article/n/statistika-familiy-v-sssr-v-nachale-xx-veka/viewer
Результаты хорошо согласуются с данными А.Ф.Журавлева, которые приводятся в посте выше.

Альтернативный вариант ста самых распространенных русских фамилий на сегодняшний день по данным англоязычного сайта https://surnam.es/
Тут немецких фамилий нет, зато есть немного украинских и мусульманских. Однако данные неизвестного происхождения и непонятной выборки (кто, когда и как?). Вдобавок мужские и женские фамилии посчитаны отдельно, как и варианты написания одной и той же фамилии через Ё и через Е. Для Королевых, например, аж 4 результата: на Korolev, Koroleva, Korolyov и Korolyova. А поскольку число носителей неодинаково, цифры разбросаны по разным местам. Так что к этой версии доверия меньше всего.
В сумме у меня получилось:
1 десятка: Иванов, Кузнецов, Петров, Смирнов, Попов, Волков, Магомедов, Новиков, Морозов, Соколов
2 десятка: Васильев, Павлов, Романов, Михайлов, Макаров, Андреев, Егоров, Сергеев, Степанов, Николаев
3 десятка: Зайцев, Козлов, Захаров, Никитин, Лебедев, Фролов, Орлов, Яковлев, Медведев, Кузьмин
4 десятка: Белов, Алиев, Борисов, Алексеев, Котов, Миронов, Антонов, Тарасов, Дмитриев, Королев
5 десятка: Шевченко, Матвеев, Мельников, Жуков, Федоров, Сидоров, Семенов, Сорокин, Власов, Поляков
6 десятка: Гусев, Филиппов, Данилов, Колесников, Исаев, Григорьев, Карпов, Богданов, Максимов, Тимофеев
7 десятка: Александров, Абрамов, Куликов, Калинин, Осипов, Казаков, Титов, Баранов, Назаров, Гончаров
8 десятка: Фомин, Ильин, Чернов, Беляев, Денисов, Коваленко, Гаврилов, Давыдов, Тихонов, Марков
9 десятка: Ефимов, Коновалов, Бондаренко, Филатов, Федотов, Герасимов, Кравченко, Ковалев, Мальцев, Горбунов
10 десятка: Ермаков, Виноградов, Ефремов, Комаров, Наумов, Потапов, Овчинников, Маслов, Климов, Киселев