Тут вопрос выборки. В развитых регионов сделано довольно много тестов.
Поупражняться с калькулятором.
Если, например, в Европе сделано 100 000 тестов, то популяцию в 100 000 с экзотической мтДНК или У хромосомой не скрыть (0,0001% вероятность скрытия), в 10 000 популяцию скорее обнаружат, чем нет, в 1000 скорее не найдут, чем найдут.
Плюс Европа проходной двор, а в ее "уголки" вроде гор басков, гор Шотландии или Сардинии исследователи лезли в первую очередь.
Неандертальцы ещё водились на Ближнем Востоке (тоже проходной двор) и до Алтая... Сомневаюсь, что где-то могли спрятаться прямые потомки.

Теоретически где-то в горах Новой Гвинеи или джунглях Африки могут жить люди с экзотическими мтДНК или У... Или кто-то в тайге... но в любом случае их немного.