Я не особо разбираюсь в крысах, но они милые, если домашние. Или если никак тебе не мешают и не вредят. В средневековье милых крыс не было, они были опасными, причем в разных смыслах:
1. Крысы переносят множество инфекций, в том числе чуму - опасны опосредованно.
2. Крысы могут быть опасны и непосредственно - могут нападать на мелких домашних животных, а иногда даже на людей.
3. Крысы съедают и портят зерно и прочие запасы - это вред, а не опасность, хотя теоретически может в нее перерасти, если крыс развелось очень много.
Так что любить крыс средневековому человеку было не за что, а вот не любить, ненавидеть и опасаться - очень даже было за что. Отрицательные черты им частично просто приписывают, так сказать, до полного комплекта. Частично эти черты как раз наблюдались людьми: крысы крадут еду у людей, да, не у своих сородичей, но людям этого было достаточно, и они не вдумывались так глубоко; крысы часто роются в мусоре, где ищут съедобные остатки, => нечистоплотные. Поверхностные суждения, но не беспочвенные.