Как раз несоответствие того, что в голове, к тому, что слышу, и имеет отношение
Не развит навык аудирования. Вы выучили один вариант произношения, вы говорите именно так, а с другими вариантами вы не знакомы на слух. Если вы будете слушать условно североанглийское произношение и пытаться подражать ему, вы рано или поздно усвоете его, но это не поможет вам понять американца из южных штатов.
русскоязычная транскрипция.
Нет такого понятия. Транскрипция одна для всех. А вот её реализация в речи зависит от кучи разных факторов, и родной язык тут играет непоследнюю роль. И речь не только о произношении звуков, но и об интонировании и построении фраз.