> примеры скайфайных/космооперных сеттингов, в которых, во-первых, присутствует организованная религия, во-вторых, ее практикуют обычные люди с "нашей" стороны, а не со стороны "врагов", а в-третьих, это практикование является чем-то "полезным" или "положительным"

Хонорверсум. Есть как обобщённая церковь Второй Реформации (мантикорцы, местами соларианцы), так и церковь Освобождённого Человечества (Грейсон, с нюансом в виде Масады). Факел (и вообще движение Баллрум), если не ошибаюсь — вообще иудаисты, с прямой параллелью "освобождения из египетского плена" с "освобождением из-тод Мезы".