Обоснование логики и философии персонажа без принижения философий других персонажей не считается Мэри Сью?
Конечно, не считается. Вот один персонаж, он такой потому и потому; вот другой персонаж, он другой потому и потому. И каждый поступает по своей логике и мотивации. Схлестываются интересы - и персонажи становятся противниками.
О принижениях я вспоминаю потому, что в проситхских/проимперских историях это встречается направо и налево. Даже Карпишин в своей трилогии Бэйна, увы, наступил на эти грабли.
То есть необходимо показать читателю ошибки персонажа, которые привели к неудачам.
Ошибки либо недостатки, то есть поступки, которые персонаж просто не может не совершить по природе своей. Однако, ошибившись раз, персонаж может - и должен - сделать выводы.
К слову, одна из черт стандартной сьюхи - авторские оправдания всех ее косяков чужими косяками или откровенными натяжками (он всех убивает, да, но его в детстве обижали, и он поэтому такой, весь разнесчастный, давайте пожалеем). А если из текста ясно, что во всех своих косяках персонаж сам виноват (причем имел возможность поступить иначе, но сознательно не стал), другое дело.