В старину слово «голова» означало не только часть тела, но и «главный», «основной». Это объясняет комичную ошибку в фильме «Иван Васильевич меняет профессию», где в меню указано «щучьи головы с чесноком». На самом деле в те времена под «щучьими головами» подразумевали не обычные головы щук (там и есть нечего, одни зубы и хрящи), а крупную щуку, которая была как бы «главой» среди других рыб.
Таким образом, фраза «хлеб — всему голова» означает, что хлеб — основа всего.