Министерские приказы такие вопросы не регулируют. Этот приказ просто утверждал используемые на официальном уровне словари и справочники, в одном из которых какой-то невежественный журналист увидел, что в разговорной речи допустим средний род слова кофе (а допустим он ещё с начала советской эпохи, только почему-то раньше никто не обращал на это внимание; а до революции средний род вообще был нормативным, в то время, как мужской считался ошибкой).