Потому что самопожертвование, а осколок чужой души был на это неспособен, и таким образом, Гарри избавился от крестража внутри собственной души. На самом деле, тут аллюзии к Библии, поэтому так, а не иначе.
Имхую, что крестраж, привязанный к душе, это несколько иное, чем крестраж, заключённый в физический, неодушевленных предмет, поэтому не очень-то ясно, помогло бы физическое устранения Гарри, или нет. Ведь умирает только его тело, а души, предположительно бессмертны. (Собственно, они и в рамках канона так или иначе бессмертны, если брать во внимание слова Дамблдора и Почти Безголового Ника про то дальше, куда души уходят после.)