На самом деле, все упирается в вопрос "зачем Бейлору НЕ признавать собственного сына и наследника".
Из-за личной неприязни к его матери? Ну, Бейлор в каноне фанатик, блаженный немного, но не дурак. А не признавать наследника только потому, что он вылез не из той мамки (спосеба, как теперь отвязаться от песенки Эгга из 3ей серии) - дурость лютая.
Из желания защитить, потому что так он "умрет от лихорадки", а на трон влезет дядюшка? Нудк непризнанного дядюшка еще шустрее отпихнет.
Чтобы оставить трон именно Дейрону? А зачем, если свой имеется?

Единственное ± логичное объяснение - Бейлор таки принял септонские обеты, и ребенок являлся их явным нарушением. Но и то с натяжкой, Верховный септон сказал бы "он король, ему можно", и дело в шляпе.