А камер у вас нет на входе?
Вообще прогул реально задним числом не фиксируется, он должен документально подтверждаться специальным актом в день, максимум на следующий день. Плюс у вас должны затребовать объяснительную к этому акту, и срок всего два рабочих дня. Если не дана, то акт об отказе от дачи объяснительной.
И да, там потом проблемы будут в первую очередь у организации, если подлог будет выявлен.