Потому что она активно пытается срастись и её активно пытаются срастить с государством. Людей сильно бесит, когда им что-то навязывают. Это раз.

Потому что де-факто она самая большая религиозная организация на территории РФ. И даже будь она "хорошей" (а она точно не "хорошая", потому что войну не осуждает, например), всё равно у неё чисто из-за размера и централизации найдётся больше косяков, чем у организаций поменьше. Чисто из-за размера.

Потому что в других организациях больше косячат люди на местах. Местные обычаи исламистов всяких там республик - они не то чтобы только и исключительно от ислама идут, это ещё и их традиции. Какой-нибудь Иран при шахе тоже исламский был, но намного более светский и гуманный. Одна и та же религия может быть представлена в разных местах, поэтому люди видят нормальных чуваков ислама у нас и долбанутых чуваков ислама на Ближнем Востоке и такое - ага, это не религия виновата (хотя религия тоже, но кто в это вдумывается?), это просто люди там отсталые, а у нас нормальные. А вот для православия РФ - это фактически основное и базовое место, поэтому если православные что-то косячат - это значит, в православии проблема. Я не говорю, что это правильное рассуждение, но понятно, почему так думают. Раз РФ - главный источник православия, то все косяки православных - из-за православной церкви РФ, все дела. А раз Чечня не основной источник ислама, то если оттуда упоротые, в т.ч. религиозно товарищи накосячат - это типа не исламе дело. Хотя может быть и в нём - но.

И да, православие и ислам. Больше в РФ ничего значимого по религиям нет, поэтому ваш вопрос "не попадаются статьи" - потому что они только на эти 2 религии и могут вдаривать, остальное слишком слабо представлено, статей вообще, не только критических, будет по ним мизер. Что, кстати, не означает, что нет в мире упоротых буддистов, например. Есть, конечно, но у нас в принципе буддизма мало. И буддизм сам по себе слабее централизован как мировая религия, так-то.