Это «Попугай из приличной семьи» Льва Устинова, повесть 1997 года, издательство «АРМАДА», серия «Замок чудес».

Вот как детали из вашего описания совпадают с тем, что известно о книге:

Главный герой — попугай по имени Джерри, живёт в семье священника и его дочери-врача. Он расследует преступления, вооружившись рацией.
Друг-полицейский по имени Джек — попугай помогает ему и становится его напарником.
Команда из животных: мыши, бобры и другие — Джерри организует из них команду помощников.
Наркоторговля и убийства — в городе процветает преступность, в том числе связанная с веществами.
Завод сбрасывает химические отходы в воду — это напрямую перекликается с вашей историей про бобров: мать-бобриха гибнет из-за загрязнения реки.
Издана в 1997 году, действие происходит «в наши дни» — то есть конец 90-х.
Возраст 9–14 лет — подростковая литература, как вы и сказали.
Подробнее о специфических деталях — зелёном мышонке, рождающемся раз в сто лет, сцене у водопада с фразой про любовь и смерть, и эпизоде в аэропорту с птицами — в сети описаний почти нет: книга довольно редкая (тираж 11 000, на «Лаборатории Фантастики» всего 5 оценок). Но все ключевые сюжетные узлы совпадают настолько точно, что это почти наверняка она.

Книга переиздавалась, и сейчас её можно найти как букинистическую — на OZON и «Мешке». Есть также аудиокнига на «КнигаВухе» и «Аудиокниге».