Страна: Япония
Разработчик: Nintendo
Издатель: Nintendo
Игра начинается с того, что фея Нави будит Линка от ночного кошмара. Великое Дерево Деку, защитник леса, послало Нави, чтобы она привела к нему Линка, так как Дерево было подвержено заклятию и его ожидает скорая смерть. Линк избавляет Дерево от проклятия, но не может спасти от увядания. Дерево Деку рассказывает Линку, что король Герудо Гaнондорф ищет способ захватить земли Хайрула, и Линк должен остановить его. Дерево Деку даёт Линку Священный Камень леса, также известный как изумруд Кокири, и посылает его в Хайрул поговорить с принцессой Зельдой. После разговора Дерево Деку умирает.
В за́мке Хайрул Линк встречается с Принцессой Зельдой, которая рассказывает ему про сон о будущем Хайрула и сообщает, что предвидела появление Линка. Она верит, что Ганондорф, король пустыни, ищет Трифорс, святую реликвию Священного Царства, которая даёт её обладателю могущество бога. Описание Ганондорфa совпадает с описанием человека, который убил Великое Дерево Деку. Зельда просит Линка отыскать два священных камня, чтобы он смог войти в Священное Царство и добраться до Трифорса раньше Ганондорфa.
Линк находит камни и возвращается в за́мок, где становится свидетелем того, как Зельду увозит её няня, Импа. Увидев Линка, Зельда бросает Окарину Времени в за́мковый ров. После того, как Линк достает Окарину из воды, Зельда телепатически учит его Песне Времени. Эта песня в сочетании со Священными камнями позволяет Линку открыть дверь, которая ведёт в Священное Царство. За дверью Линк находит Главный меч, магическое оружие, созданное для борьбы со злом. Как только он забирает меч с пьедестала, появляется Ганондорф, который следует за ним в Священное Царство и захватывает Трифорс.
Семь лет спустя Линк просыпается и видит перед собой постаревшего мудреца Рауру. Рауру рассказал Линку, что его душа была изолирована семь лет, до того времени когда он сможет обращаться с Главным мечом и одолеть Ганондорф. Рауру — древний Мудрец Света, один из Семи Мудрецов, охраняющих Трифорс. Семь мудрецов могут заключить в тюрьму Ганондорфа в Священном Царстве. Но шесть других мудрецов были лишены своих способностей из-за того, что Ганондорф превратил Хайрул в Землю тьмы. Под властью Ганондорф, Хайрул быстро пришёл в упадок и произошло много несчастий. Линк вернулся в Хайрул и повстречался с загадочным Шииком, который помог ему освободить пять храмов от чудовищ Ганондорф. Сила этих храмов поможет вернуть мудрецам их способности, и они помогут освободить Хайрул от тирании Ганондорфa.
После возвращения пяти мудрецов Шиик оказался мужским воплощением Принцессы Зельды и Седьмым Мудрецом. Он поведал Линку, что поскольку душа Гaнондорфа нечиста, Трифорс распался на три части, как только он до него дотронулся, как и было сказано в древнем пророчестве. Ганондорф получил Трифорс Силы, Зельда — Трифорс Мудрости, а Линк стал обладателем Трифорса Отваги. Когда Зельда дала Линку волшебные Стрелы Света, необходимые для того, чтобы одолеть Ганондорфa, злодей поймал Зельду в кристалл и переместил её в свою башню. После этого оставшиеся шесть мудрецов помогли Линку проникнуть в башню, где Линк победил Ганондорфa. С помощью силы всех семи мудрецов Гaнон был заперт в Священном Царстве. Тогда Зельда забрала Окарину Времени у Линка и отправила с её помощью Линка в его настоящее время, чтобы он смог полноценно прожить семь лет своей жизни.
В 2011 году был создан ремейк игры в 3D.