Чистое Небо

Сюжет начинается примерно за год до событий игры «S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля, осенью 2011 года. Проводя группу ученых через Болота, главный герой игры сталкер-наемник Шрам попадает под Сверхвыброс — необычно мощный (по сравнению с другими) выброс аномальной энергии, убивающий все живое на своем пути, изменяющий расположение аномальных ловушек и, как следствие, привычные пути через Зону. Шрам чудесным образом выживает, и более того — оказывается подобран членами чрезвычайно скрытной и неизвестной широким массам группировки сталкеров «Чистое небо». Лидеры этой группировки считают, что Сверхвыброс и последовавшие за ним частые малые выбросы — реакция Зоны на действия человека, а именно — на то, что кто-то проник в центр Зоны. По их мнению единственный способ обезопасить людей от Зоны — найти способ сосуществования с ней, а повторные проникновения в центр грозят человечеству смертельной опасностью. Чтобы остановить выбросы, пока Зона не «расшаталась» и не произошла третья катастрофа, «Чистое небо» проводит расследование с целью выяснить, кто попал в центр Зоны, и любой ценой остановить этих людей.