"Можно конечно выдумать отговорку про "сферу тишины" (такая фигня в фиках, когда на определенное пространство накладывается заклятие, и вас не слышат), но она же не вечна, да и внимание привлекает."

Так под пологом тишины Анна как раз разговаривает с Карлом в кафе у Флориана. Но разница в обстановке существенная. В кафе они приходят вместе, как обычные посетители, т.е. изначально не выделяются из общей массы. Но не хотят, чтобы их разговор слышали - воспользовались пологом тишины, и на них никто не обращает внимания, пока они не решили уйти.
А в случае с МакКошкой в "Дырявом котле" все было иначе. Она выходит из камина и сразу говорит бармену Тому, который подбежал к ней поздороваться, что у нее назначена встреча. МакГонагалл начинает проходить к столу, за которым сидят "Кайнер" и "Бэггинс". Тут с ней спешат поздороваться ее бывшие ученики и прочие знакомые, также бывшие в трактире. Наконец, МакГонагалл добирается до Анны и знакомится с ней. А Лапина и так уже на взводе, ей кажется, что все взгляды прикованы к ней, и предпочитает вовсе удалиться из бара. И да, если бы они в баре беседовали с МакГонагалл под пологом тишины, это действительно привлекло бы лишнее внимание, и самой МакГонагалл могло бы показаться подозрительным.

"И все же нередко именно ученые решают насущные проблемы, или делаю задел на будущее."

Как бы да, но, опять же: 1) неизвестно, когда этот задел начнет себя оправдывать; 2) даже если ученый занимается прикладной наукой и решает именно насущные задачи, они могут относиться все равно к какой-либо специфической области знаний, не интересной и не известной большинству людей - ведь об этом же не пишут в школьных учебниках.
Что же касается сюжетов приведенных вами фильмов, там персонажи-ученые изначально присутствовали в сюжете, и им была отведена определенная роль. В жизни так бывает далеко не всегда, и чаще работает вариант "и без вас бы обошлись прекрасно" или "ослов и ученых - на середину", или "республики ученые не нужны". А если и нужны - то для выполнения лишь конкретных заказов от "верхушки". Такая позиция в фанфиках по ГП изредка, но встречается.