КровавыйВорон, попробую другой пример, раз вам Москва не нравится.
"Джон поступил в Кембридж, Джек поступил в Итон, а Гарри поступил в Хогвартс". Все три -- без кавычек, потому что это имена собственные, однозначно трактуемые в контексте. Итон и Хогвартс однозначно определяют учебное заведение, Кембридж является одновременно заведением и географическим идентификатором, но из контекста однозначно понимается, что речь именно о колледже.

Имена факультетов, в отличие от вашего примера с "ромашкой" и "Алисой", тоже являются именами собственными, однозначно определяющими в контексте именуемый предмет. Как раз как "физмат", "юрфак" или "патан" (это в медах). "Вася поступил на мехмат в МГУ, Коля в Питер на патан, а Гарри приехал в Хогвартс и распределён в Гриффиндор".