Все гораздо проще: маглы, волшебники, метаморфы, оборотни, даже варны и вейлы, относятся к разряду Homo, т.е. как минимум человекоподобных, но самое главное - они могут смешиваться с людьми и между собой, что говорит и об едином предке и о совместимости.
Поэтому сравнивать варну с коровой, драконом или кентавром некорректно, это действительно магические существа, а остальные... виды homo с магическими способностями.
Таким образом, понятно почему маги могли вырезать варн: люди точно также вырезали обычных волшебников и прочих, да и самих людей регулярно, борьба за ресурсы.
А то что варнам приписывали ужасы банальная пропаганда, маги и люди половину своей истории официально каннибализмом занимались, а дальше скрытно и по "делу". Чем варны хуже? Может у них была парочка тройка занимавшаяся темными искусствами с включением в практику подобного. Когда надо было вырезать всех, огласали " они плохие и вообще - евр... варны". Вот и вырезали. Да никто не говорит, что подобных варнам нигде в мире не осталось, это как вырезать специфическую для британских островов национальность(вид).