"То есть теоретически чистокровное сообщество может существовать... "

Ага, при этом оно должно быть полностью изолированным, чтобы обеспечить внутреннюю стабильность.

"Практика показывает, что достаточно долго (более нескольких столетий) может существовать практически замкнутая популяция в несколько тысячь человек (2-6 тыс.)"

Ну маги существуют вроде как больше нескольких столетий. И потом, тетя Ро говорила, что в Британии около 3000 волшебников, считая магглорожденных и полукровок. Замок Хогвартс большой и вмещает гораздо больше 300 человек (ученики + преподаватели + обслуживающий персонал), т.е. вероятно (хотя замок строили в весьма неспокойные времена, и он должен выполнять еще и функцию крепости, где волшебники из ближайших селений могли бы укрыться на время осады) там училось больше детей --> постепенная убыль магического населения. Она может быть связана как с внешними факторами (гонения инквизиции), так и с внутренними: уменьшение рождаемости, высокая детская смертность (которая ИМХО будет выше при близкородственных браках). Сколько из канона известно чистокровных семей? Поттеры, Малфои, Блэки (мужчины погибли, остались женщины, которые вышли замуж), Уизли, Прюэтты (в живых осталась только Молли), Лестранжи (померли либо в Азкабан опять попали), Эбботы, Диггори, Лавгуды, Боунсы, Нотты, Крэббы, Гойлы, Паркинсоны, Гринграсс, Смит, Крауч (померли). У всех, за исключением Уизли, было по одному, максимум, двое детей. Какие-то были бездетными, а кто-то вообще в брак не вступал --> падение популяции чистокровных волшебников --> подрыв стабильности чистокровного общества изнутри.