Как мне кажется, шарды - это не совсем "инструменты". Шарды - это, скорее, "набор данных"/"концепций".
Зион говорил, что будь он целым, то знал бы больше.

"Вещатель оставался в неведении о том, что особь без какой бы то ни было связи с осколком проникла в закрытое пространство и разрядила в группу смутно знакомое вещество. Что-то, что сущность смогла бы вспомнить, если бы обладала доступом ко всем своим воспоминаниям. Технология."

То есть, распространяя шарды - частицы Сущности/мозги/информацию/концепции, Зион отдаёт те части себя, которые "знают" как управлять гравитацией/останавливать время/тактически мыслить/etc.
А сам Зион, как Сущность в целом и как триллионы триллионов триллионов шардов в частности, просто является эдакой "архиматерией", которая может, используя эти данные, применять эти концепты.

Т.е. грубо говоря, шарды - это не сцепленные воедино молоток, микроскоп, дрель и паяльник, а "знания" об этих объектах и Сущность может применять возможности этих объектов через любой шард и через все шарды одновременно. Просто используя это как данные.

Это, конечно, просто теория, но мне она кажется вполне логичной.

upd
Этим же можно объяснить принцип работы Цикла в целом и почкования в частности. Как уже было сказано Тролльбоу, шарды при почковании не делятся, они просто "протягивают" щупальца к другому носителю, переполнившись информацией/концепциями.

После чего, после Сбора, Сущности могут уже "разобрать" переполненный шард и, соответственно, обрести больше фич/шардов, которые снова можно раздать, снова переполнить, повторить.