шамсена
Отвечу на ваши вопросы. Выше уважаемая Крон задавала вопросы, но они относятся к открытому финалу. Те ответы автор оставил за кадром. Ваши же вопросы связаны с обоснуем текста, поэтому приступим.

1. Как связаны Меропа и чаша Пуффендуя.

Из канона мы знаем, что Волдеморт прятал в крестражах частички своей души. Доподлинно известно, что в дневнике он оставил себя шестнадцатилетним. Тем Томом, который сумел разгадать секрет Тайной Комнаты. Про остальные крестражи в каноне ничего нет. И вот тут мы можем предположить/придумать/логически обосновать или нет наличие в каждом крестраже определённой части души.
Вот автор и поместил в чашу часть души ещё нерождённого Тома Риддла, но он уже существует. Возможно, это слишком вольно, но почему бы и нет? Меропа беременная, она уже рассталась с отцом Тома, брат и отец в Азкабане. Идеальный момент для несчастной Меропы. Она ещё не в Лондоне, ещё тепло. Ещё есть шанс изменить судьбу. Если бы план Волдеморта сработал, то из чаши вышла бы Меропа (как Том Риддл почти вышел тогда из дневника). Вы можете сказать, что Волдеморт и матери-то своей не знал, как он мог поместить именно это воспоминание. Ну, пусть это будет памятью эмбриона, если можно так сказать.

2. Как ведьма Меропа, по канону чуть ли не сквиб, могла варить супер сильные зелья.

А вот вернёмся к канону. В шестой книге Дамблдор показывает Гарри воспоминания в Омуте Памяти. Он спрашивает, как, по мнению Гарри, Меропа могла приворожить красавца Тома Риддла. Гарри выдвигает две версии: Амортенция и Империо. И Дамблдор соглашается, что, возможно, верны оба варианта. Он подчёркивает, что Меропа - чародейка. Когда тиран отец исчез из поля зрения, магические способности Меропы сразу вышли на должный уровень. В общем, у меня в Росмэновском переводе это 221 страница ГП и ПП. Посмотрите. Так что логично, что Меропа могла варить зелья.

3. Почему Гермиона, умница и аккуратистка, таскала с собой практически бывший крестраж?

А как раз потому, что это бывший крестраж. Не стоит разбрасывать где попало такие вещи. Может быть надо было утилизовать как следует, но, во-первых, там была битва, пихнула в сумочку, потом не до этого было. Во-вторых, ну рояль в кустах иногда тоже нужен.

4. Где же пропадали все это время Гарри и Рон, и почему она мыкалась с родителями и своей болью совершенно одна а ее верные друзья, прошедшие с ней огонь и воду - так вот внезапно взяли и слились?

В тексте несколько раз упоминается Рон. Вот как раз для этого, показать, что друзья рядом. (Эпилог не в счёт). Но эти персонажи не нужны для фика были, вводить их в сюжет автор не посчитал нужным. Кстати, ниже вот вы пишите про детали типа заказа Гермионы в кафе. Вот эти детали, оказывается, иногда даже мешают, как оказалось.