Вполне объяснимо. Вариант раз: Нагайна, если мне не изменяет память, маскировалась под Батильду Бэгшот (это как у нее получилось интересно?). Оригинал же скорее всего, отправили туда, где ей прогулы ставили уже давно. Вполне возможно, что Нагайна банально истратила весь яд на старушку, чтобы та точно померла.
Вариант два: Яд василиска + слезы Фоукса обеспечили Гарри нехилый такой иммунитет к змеиному яду. Собственно, именно укусами змей и вырабатывается иммунитет к их яду.
Вариант три: Гарри подсунули так или иначе средство обеспечивающее долгосрочную защиту от яда. Чисто чтобы Избранный не скончался раньше времени. Если Дамблдор понял, что змея - крестраж, было бы логично подстраховаться.
У змей (по крайней мере у некоторых) яд содержит вещества то ли облегчающие пищеварение, то ли сами пищеварительные ферменты. Так что змее не обязательно было быть совсем уж паранормальной.

С другой стороны, есть ещё такая мысль:
За исключением этого случая, Гарри видит самого Волдеморта. Он не видел ни медальон/диадему/чашу, ни Джинни во время ее одержимости, ни даже Нагайну отдельно от Томми. Только самого Волдеморта. Это раз.
В чем был смысл посылать змею? На разведку? Это мог проделать и человек, из тех, кто "был под Империусом", можно было отловить любого сотрудника Министерства и "Легилименс"... И вообще, слать драгоценный крестраж шпионить - Томми спятил, но не настолько же, чтобы гвозди микроскопом забивать. Это два.
Ядовитость Нагайны кроме этого случая не проявляется (хотя сам яд и есть, Хвост что-то там выдавал и варил из этого средство для гомункула). Это три.
В общем, у меня возникла теория, что на Артура напала нифига не Нагайна, а сам Том, в змеином обличье. В конце концов, если Мародёры анимагию освоили ещё в школе, то уж Риддл точно смог бы в свои ого-го лет разобраться. И полз он уже не на разведку, а забирать пророчество.