Хотя вот нет, в книге написано, что тело Тома становилось более вещественным, т.е. получается половина души Тома реально материализовывалась. Тем более он и палочку Гарри смог схватить, и как говорит Джинни - последнее, что она помнила, это как Том вышел из дневника.

Механизм действия все равно правда не понятен, ну ок, это ведь магия ))