Так мир, откуда реинкарнировал Сеши, связан с элементальными странами, хотя бы тем, что он туда и оттуда реинкарнировал. То есть базовая чакрофизика там работает. Но из-за того, что боевой эффективности управление чакрой там не демонстрирует - пользователи ударились в медицинское применение, и за счет концентрации на нем, и, возможно, большей кооперации, добились в этом узком направлении успехов. Шиноби же гнались за эффектами быстро-и-дешево, в их условиях вполне доступных, и решали задачу "как не сдохнуть прямо сейчас", а не "как жить долго", потому что даже если сейчас не убьют, то это не значит, что не убьют в следующий. Поэтому пересадка органов в поле - да, а тонкие гериатрические эффекты - извините.
С Ирьенином и того проще: канон показывает изрядный разброс в уровне техники и отчасти общества, фикрайтер вправе выравнивать его, объяснять разброс или не трогать. Автор Ирьенина решил равнять по "полу" - его право.