Я исхожу из того, что Арчер и Волдеморт - одно целое. Души невинного "внука" там нет как отдельного чего-то. Арчер - это молодой Риддл, возможно, слитый с душой "внука", но его реакции психологически не отличались от молодого Риддла, кроме фактора влияния Гарри и соответственно того что в этой жизни у него был Гарри.
Когда он обрел память, сражались не "души", а субличности. Точнее, представления о себе самом. Такие могут быть и у одного цельного человека. Представления о реальности, взятые курсы, оценки того что важно. Он не мог переварить обрушившееся на него сочетание двух прожитых жизней, которые противоречили друг другу. Поэтому он решил, что только что возродился и его жизнь как Арчера - слабость, от которой надо отказаться. То есть, да, он и был Арчером, но по слабости. Как если бы в первую молодость оказывался побежденным, как свое приютское детство. Всю первую жизнь он считал привязанности слабостью, потому и попытался подавить свою. Арчер, задавленный в глубине - это не отдельная личность, это привязанность, от которой он пытался отказаться - и не смог.
С тех пор, как он осознал, что это самое ценное в обеих жизнях и что он зря пытался это задавить, что он предпочитает быть Арчером - никакого "договаривался Волдеморт" уже в принципе быть не может. Использовать возможности и опыт Волдеморта, его хитрость, действовать как он в политике, с врагами - да, но остается он Томом.
Нет, в самом деле, а как еще должен был себя чувствовать Арчер, вспомнив прошлую жизнь и не имея возможности сказать "это не я"?
Вертится на языке исключительно "заране Валар мы осуждены - не все ль равно, чем мы оплатим цель"(с). Невозможность считать себя не чудовищем и психологические барьеры тут тоже работают. По крайней мере, по отношению к тому что он был врагом Гарри в прошлой жизни - особым гуманизмом и Арчер не отличался.