А вот выкопать это самое "лишнее подземелье" так, чтобы этого не заметили трое не уступающих магов - задача немного другого уровня. А уж спрятать это подземелье так, чтобы за века активных поисков так и не нашли - это совершенно третье.

Канализацию Хогвартса переделывали в 18 веке. Переделывал ее Корвин Гонт и именно он спрятал вход под умывальником.
Пруф:
https://harrypotter.fandom.com/ru/wiki/%D0%9A%D0%BE%D1%80%D0%B2%D0%B8%D0%BD_%D0%9C%D1%80%D0%B0%D0%BA%D1%81
Конечно, какие-то книги мог спереть Флетчер, но не факт. Если Блэки были не дураки, то книгохранилище они бы защитили по максимуму. Барахло и восстановить можно, если знать как, а вот утраченные знания восстановить сложнее.