Как я понимаю Северус сознательно отказался от магии, он не стал сквибом в результате войны. Следовательно Гермиона через небольшое количество времени попросит его использовать магию снова. Так как она посчитает это нерациональным. Всё равно, что инвалид, у которого нет руки будет морально удовлетворён тем, что её муж всю оставшуюся жизнь тоже не будет пользоваться второй рукой. Если использование магии делает Северуса счастливым, то она тоже будет счастлива, будет рада за него, хоть и сама не может её использовать.

Главное то, что они смогли сблизиться и построить свою семью без магии. Когда ей вернули память, это, среди прочего, показало ей то, что для их счастья абсолютно не обязательна была магия или другие блага (шикарный дом). Ведь как я понял, Гермиона не хотела жить не только потому, что потеря магии равнялась для неё потерей целого мира, но еще и потому, что она считала, что теперь у неё точно нет даже шанса с Северусом, признание которому она планировала если выживет.
Ну а еще это избавило её от ПТСР и прочего. Память вернулась тогда, когда жизнь уже была налажена, стабильна и текла неторопливо.

Для каноничного Северуса потеря доступа к магии является едва ли даже не более серьёзной жертвой чем для Гермионы. Ведь ублюдок маггл-отец своими издевательствами привил ненависть к себе подобным у Сева в детстве и подростковом возрасте. Поэтому магический мир единственным миром, где он чувствовал себя полностью на своём месте и провёл в нём большую часть своей жизни. Для вашего же Северуса Снейпа из фика эта жертва была сопоставимой с жертвой Гермионы, так как видно, что он был лучше интегрирован в мир магглов перед уходом в него. Так как для научных исследований нужна предварительная подготовка.

Тем не менее, я уверен, что он был абсолютно готов ради её навсегда перестать пользоваться магией. И не стал бы злится на неё за это, как это сделал бы его отец. У его отца была похожая ситуация, немного симметричная: тот заставлял Эйлин не пользоваться палочкой и злился, избивая её, если она пользовалась.

Возможно они даже намутят какие-то научные проекты на стыке двух миров: магического и немагического. Ведь палочка не везде обязательна. А где нужна достаточно будет палочки Северуса.