Бактерии его генерируют. Но это - ценный продукт, и в сообществе с такими бактериями всегда живут те, кто его потребляет. Метаногены как раз одни из потребителей. Они не дают водороду накопиться. Поэтому при гниении органики без кислорода накапливается в итоге все же метан.