Если прочитать квантовую физику, то можно узнать что микромир во много не сочетается с макро.
Причем НА СТОЛЬКО сильно, что есть известная Проблема космологической постоянной когда энергия частиц в микромире не совпадает со вселенной в совокупности.
Послушать можно здесь.
https://www.youtube.com/watch?v=svosQdrg3h8
И это ещё не говоря про приколы с суперпозицией частиц, изменения частиц в волны, когда за ними наблюдаешь, отсутствует возможность установить точное расположение и массу одновременно и многое другое. Ну и что там кварки проделывают и сколько там "волшебных" теории придумали от страпелек (которые Гарри даже упомянул!) до того что вся материя состоит из маленьких кротовых нор.

Статья подразумевает что функции веществ тесно сплетены на квантовом уровне. Вот только стоит взглянуть на этот мир квантов, так всё идёт вверх дном и уже там намного сложнее установить как там вообще вещества работают и почему фосфор остаётся фосфором. И вот здесь очень легко и изящно можно вплести магию с темой веществ. Как например те же Атланты в мире ГП просто нашли множество способов на программном уровне временно изменять настройки частиц или высвобождать их энергию без деления ядер. Так вот и появилась трансфигурация и создание воды из воздуха или обращения стола в свинью.