Не совсем. Там речь шла о трансфигурации и только.
С применением магии к части сложного объекта, а тем более существа проблем в ГПиМРМ нет, тот же сонорус, лечебная магия, да и всякие зажигающие/замораживающие заклинания воздействуют не на весь объект а лишь на его поверхность.

А вот трансфигурация была заявлена как воздействующая только на объект целиком. Что ГП и смог обойти на уровне кварков ЕМНИП.