В данном контексте можно предположить двойное значение слова *крякнуло*:
- первое - уже разъяснённое в предыдущем посте
- второе - в просторечии слово *крякнуть* используется в смысле *хрупнуть/просесть, поддаться/сломаться*.
Так что можно понимать и как *одушевлённое мироздание с недовольством, но допустило*, и как *законы мироздания сошлись так, что возникла возможность маловероятного события, кажущегося стороннему наблюдателю невозможным*