Я исхожу из предположения, что Помфри о крестражах не знала (или о том, что у Поттера было какое-то задание Альбуса). Она смотрит со своей колокольни. И с ее точки зрения, Поттер пришел под защиту стен Хогвартса, а Минерва этим воспользовалась, чтобы подвинуть Снейпа. И этим поставила под удар остальных обитателей школы.