Да все там нормально с логикой. Вот смотрите:
1)известно, что по результатам 1-го года Гермиона обошла Драко. Это легко объясняется тем,что на экзамене нужно писать еще и теорию, на которую Драко, как избалованный ребенок, да к тому же мальчик, просто забивал, выпендриваясь умениями.
Однако при этом не говорится, что Гермиона обошла ВСЕХ. Вполне вероятно,что кто-то на Райвенкло сдал экзамены не хуже,а то и лучше, ообенно учитывая практическую подготовку до школы.

2)Корнер отдает дань уважения уму ГГ на пятом курсе. К этому моменту своим старанием, желанием и необходимостью знать больше, она уже могла стать одной из лучших учениц школы.
Кстати,Alex 2011 цитатку или место не напомните, где говорится, что "среди всех за много лет"? Как бы с фандомными штампами не перепутали))

Итак,что мы видим? Банальную психологическую ситуацию, неоднократно наблюдаемую в реальной жизни:
ребенка готовят к школе, он умеет читать,писать, выполнять арифметические действия и т.д. ит.п. Все прекрасно. А потом ему становится скучно,неинтерено, он не приучен к систематическому труду, забивает на регулярные занятия.
И постепенно съезжает, былые навыки уже не спасают, он съезжает еще больше.И тогда вовсе забивает на учебу, находя себе оправдание и другие цели *например, поручение Лорда*)))
Наряду с этим приходит ребенок с нормальными мозгами, который просто имеет мотивацию к учебе и умеет учиться.
Все! На выходе - несопоставимо.

Плюс, вполне допускаю, что у ГГ был еще и талант, например к Чарам.