Лично я это понимаю, что там действительно была курица. В смысле, что Фоукс на курицу совсем не похож, и Гарри, хотя и видел Фоукса, по-прежнему считает, что во время первой его встречи с Дамблдором, там действительно был не Фоукс, а курица.

А трансфигурацию приплели, видимо потому что считают, что Дамблдор не стал бы сжигать живое существо.

Кстати, поскольку профессора, присутствующие при обсуждении, могли наблюдать Дамблдора и Фоукса в течении многих лет, если бы в какие-то моменты Фоукс был бы похож на курицу, они бы это наверняка сказали, и прояснили бы этот момент для окружающих. Раз не сказали, значит, во время первой встречи, Гарри видел всё-таки курицу.